Myszoskoczki są zaliczane do rodziny Cricetidae- tej samej, do której należą chomiki. Wszystkie myszoskoczki właściwe należą do podrodziny Gerbillinae, które tworzy około dziesięciu rodzajów, skupiających łącznie około 40 gatunków, różniących się nieznacznie między sobą wielkością i wyglądem.
    Gatunkiem obecnie najbardziej znanym jest myszoskoczek mongolski, pochodzący z północno- wschodnich Chin i wschodniej Mongolii. W systemie zoologicznym nasz domowy myszoskoczek należy do rzędu gryzoni, podrzędu Myomorpha, nadrodziny Muroidea, rodziny Cricetidea, podrodziny Gerbillinae, rodzaju Meriones i gatunku unguiculatus. Tak więc, naukowa nazwa myszoskoczka mongolskiego brzmi: Meriones unguiculatus.